Program Studi PTEI S2 merupakan unsur penyelenggara pendidikan yang bernaung di bawah Program Pascasarjana Universitas Negeri Yogyakarta (UNY). Program Pascasarjana UNY merupakan unsur penyelenggara pendidikan setingkat fakultas yang dipimpin oleh seorang Direktur, dalam melaksanakan tugas dan wewenang urusan operasional dibantu oleh dua orang Wakil Direktur yaitu: Wakil Direktur I menangani bidang Akademik & Kemahasiswaan dan Wakil Direktur II menangani bidang Administrasi & Keuangan. Direktur Program Pascasarjana bertanggungjawab kepada Rektor UNY.